コンピュータツールの習得
実習：Linux® Bashとシェルコマンド
生物学 PDB ファイルの列とキーワードの操作用に特別に設計された Linux® Bash の実践的な作業で、コマンド ラインの力をマスターする方法を発見してください。
データが大量かつ複雑であることが多い生物学の分野では、このデータを効果的に分析して視覚化するには、ファイル操作とキーワード検索のスキルが不可欠になります。
Unix および Linux 環境で使用される強力なツールである Bash の基本を説明します。Bash を使用すると、反復的なデータ タスクの自動化、シリアル分析の実行などが可能になります。
プログラミングが初めての方でも、スキルの向上を目指している方でも、私たちのオーダーメイドの実践では、シェルと AWK を使用したファイルとディレクトリに関する実践的な例と具体的な演習を通じてガイドします。
Linux Bash トレーニングでこれらの重要なデータ操作の基礎を習得して、科学者としてのキャリアに競争力を与えましょう。
演習 1: PDB ファイルのクリーニングと実行タスクの自動化、所要時間 8 時間
演習 2: 結果ファイルの抽出、クラスタリング、結合、所要時間 8 時間
演習 3: AWK 言語の基礎と最低エネルギー抽出、所要時間 8 時間
価格：各 166 724 円（税込）
言語: 英語またはフランス語
演習: Python3™
Python3™ は、活発で多様な開発者コミュニティの恩恵を受けており、さまざまな要求に対応できるリソース、ライブラリ、モジュールが豊富にあります。一般に産業界で広く使用されており、その継続的な進化により興味深いサポートとなることが保証されているため、トレーニングに組み込んでいます。
アルツハイマー病の分析的探求は、この実践的な研究をサポートするでしょう。この言語の構文の明瞭さと多用途性に重点を置き、高度な並べ替え操作の専門スキルを習得する機会があります。このトレーニングを通じて、アルツハイマー病の発症に関与するタンパク質の分子構造など、複雑なデータを含むファイルを管理する技術を習得できます。 Python™ を使用してこのデータを操作すると、関連情報を抽出し、意味のある構造と機能の関係を特定し、詳細な視覚的表現を作成して、疾患の根底にあるメカニズムをより深く理解できるようになります。この科学的アプローチにより、興味深いデータを操作できるようになり、この分野の研究の理解に大きく貢献します。
これらの演習は、Windows®、macOS®、Linux® などのさまざまなオペレーティング システムで実行できるため、ユーザーに優れた柔軟性を提供します。
演習 1: 導入時間 8 時間
演習 2: 並べ替え、所要時間 8 時間
演習 3: 表現、所要時間 8 時間
権利行使価格：各 166 971 円税込
言語: 英語またはフランス語
演習: AutoDock / Autodock Vina
バイオインフォマティクスの専門家が主導するこの集中的な演習は、Autodock を介した分子ドッキングの背後にある理論と実践を深く理解できるように設計されています。このツールとそのスイートを使用して、ターゲットタンパク質とそのリガンド間の分子相互作用を予測し、シミュレーション結果を解釈して分析する方法を学びます。
学習内容の概要は次のとおりです。
分子ドッキングの基礎を理解する。
Autodock コマンドとその高度な機能をマスターします。
シミュレーション用にタンパク質とリガンドの構造を効率的に準備します。
正確な結果を得るためにシミュレーション パラメーターを最適化します。
ドッキング結果を分析および解釈して医薬品設計をガイドします。
実際の応用に向けた実際のユースケースとケーススタディを探索する
あなたがバイオインフォマティクスの研究者であろうと大学院生であろうと、このトレーニングは、Autodock を使用した分子ドッキングで優れて、専門分野で目立つために必要なスキルを提供します。
分子ドッキング演習、所要時間 16 時間
行使価額: 333 943 円（税込）
言語: 英語またはフランス語
演習: CHARMM™
CHARMM™ での嚢胞性線維症に関与する RNA および DNA の研究のために特別に設計されたトレーニングにより、分子モデリングを進歩させます。この集中トレーニング中に、この言語のキーワードを習得します (フランス語圏の場合、モジュールはフランス語に翻訳されます)。したがって、RNA と DNA に適用する力の操作と方程式に集中できます。
この演習では、大学レベル 3 年の熱力学物理学と有機化学の知識が必要です。
演習: GROMACS
このトレーニングでは、GROMACS を深く理解し、次の側面をカバーします:
GROMACS の紹介: 基本原理、その歴史、応用、生体分子研究における重要性を理解します。
インストールと構成: パーソナル コンピューターを含むさまざまなプラットフォームに GROMACS をインストールして構成する方法を学びます。
分子シミュレーションの原理: 分子動力学とモンテカルロ シミュレーションの理論的基礎、および GROMACS で使用されるアルゴリズムを理解します。
シミュレーション システムの準備: フォース トポロジーの作成や入力ファイルの準備など、シミュレーション用に分子システムを準備する方法を学びます。
シミュレーションの実行: 分子シミュレーションを実行し、パフォーマンスを最適化し、結果を解釈するためのコマンドとコマンド ライン オプションをマスターします。
シミュレーション データ分析: GROMACS に組み込まれたツールやその他の処理および視覚化ソフトウェアを使用してシミュレーション結果を分析する方法を学びます。
高度なアプリケーション: 膜システムのシミュレーション、薬物結合計算など、GROMACS の高度なアプリケーションを探索します。
演習: VMD
生物物理学、計算化学、構造生物学の研究者であっても、このトレーニングでは、複雑な分子構造の分析と視覚化を習得するための必須スキルを提供します。タンパク質、核酸、脂質の視覚化と操作方法を学びます。
VMD を使用すると、分子の 3 次元構造をグラフィカルに表現し、分子特性を計算し、分子動力学を表す動的アニメーションを作成することができます。私たちのトレーニングでは、構造の操作からシミュレーション結果の高度な分析まで、VMD のあらゆる機能について説明します。
当社のバイオインフォマティシャンは、分子可視化へのアプローチに革命をもたらし、構造生物学というエキサイティングな分野で新しい研究の展望を開く没入型の体験を提供します。
VMD 演習、期間 10 時間
権利行使価額：各251 543 税込
言語: 英語またはフランス語
演習: UCSF キメラ®
Chimera® は、構造生物学、生物物理学、計算化学の分野で広く使用されている分子視覚化およびモデリング ソフトウェアです。カリフォルニア大学サンフランシスコ校 (UCSF) によって開発された Chimera® は、分子構造の分析と操作のための幅広い機能を提供します。
Chimera® の主な機能には、タンパク質、核酸、タンパク質-リガンド複合体などの生体分子構造の 3D 視覚化、分子表面、電子密度マップ、その他の興味深いデータの表示が含まれます。
これらのラボでは、構造の変更、分子の重ね合わせ、タンパク質-タンパク質またはタンパク質-リガンド複合体の構造の構築などの分子モデリング操作を実行できます。距離と角度の測定、アクセス可能な領域の計算、構造パターンの検索、高度にカスタマイズ可能なグラフィック表現の作成など、構造を分析するための高度なツールを使用します。
演習: Cytoscape®
Cytoscape® は、生物学的ネットワーク、タンパク質相互作用ネットワークなどの複雑なネットワークの視覚化、分析、操作に広く使用されているオープンソース ソフトウェア プラットフォームです。
シアトルのシステム生物学研究所によって開発された Cytoscape® は、生物学的ネットワークの構造とダイナミクスを調査するためのユーザーフレンドリーなインターフェイスと強力な機能を提供します。ユーザーは、パブリック データベースやローカル ファイルなどのさまざまなソースからネットワーク データをインポートし、それらをインタラクティブなグラフとして視覚化できます。
演習: Microsoft Word®
「Office Pack」® という用語は、一般的に Microsoft Corporation によって開発された Microsoft Office® オフィス スイートを指します。このソフトウェア スイートには、ビジネス、教育、個人の環境で使用されるいくつかの一般的なプログラムが含まれています。レポートや手紙などの文書の作成や書式設定に広く使用されているワードプロセッサ プログラムである Microsoft Word® の主要コンポーネントを紹介します。
Microsoft Word® に関するトレーニングをご覧ください。このトレーニングは、ソフトウェアの多くの機能やショートカットで問題が発生する方のために特別に設計されています。初心者でも、知識を深めたいだけでも、このトレーニングは Word® を簡単かつ効果的にマスターするのに役立ちます。ドキュメントの作成と書式設定から、画像、表、グラフの追加まで、すべての重要な機能について説明します。レイアウト ツールを使用してプロフェッショナルで魅力的なドキュメントを作成する方法と、プロジェクトで他のユーザーと共同作業するためのレビュー機能を使用する方法を学びます。また、オートコレクト、番号付け、箇条書きリスト、テキスト スタイルの機能を効果的に使用して時間を節約し、文書の一貫性を向上させることにも重点を置きます。
価格行使1：1口当たり税込251 543円
言語: 英語またはフランス語
演習: ggplot2®
ggplot2® は、Hadley Wickham によって開発された R のグラフ作成ライブラリです。このライブラリは「グラフィックスの文法」の原則に基づいており、グラフィック要素をさまざまなレイヤーに分解することでグラフィックスを構築するための一貫した体系的なアプローチを提供します。
ユーザーが一連のシンプルで直感的な関数を使用して、複雑で美しいグラフを作成できるユーティリティとして ggplot2® を紹介します。色、形状、凡例、スケールなど、グラフのあらゆる側面を柔軟にカスタマイズできます。
ggplot2® は、データ分析と視覚化の分野、特にデータ サイエンス、学術研究、科学結果の出版の文脈で広く使用されています。
