Maîtrise des outils informatiques
TP Linux® Bash et commandes shell
Apprenez à maîtriser le pouvoir de la ligne de commande avec notre TP Linux® Bash spécialement conçue pour la manipulation de colonne et mots clés sur des fichiers PDB de biologie !
Dans le domaine de la biologie, où les données sont souvent massives et complexes, la compétence en manipulation de fichiers et recherches de mots clés devient essentielle pour analyser et visualiser efficacement ces données.
Nous vous enseignons les bases du Bash, un outil puissant utilisé dans les environnements Unix et Linux, qui vous permettra d'automatiser des tâches répétitives de données, d'exécuter des analyses en série entre autres.
Que vous soyez novice en programmation ou que vous cherchiez à compléter vos compétences, nos TP sur mesures vous guideront à travers des exemples pratiques et des exercices concrets sur des fichiers et des répertoires utilisant du shell et du AWK.
Donnez un avantage compétitif à votre carrière scientifique en acquérant ces bases de manipulations de données essentielles avec notre formation Linux Bash !
TP 1: Nettoyage de fichiers PDB et automatisation de tâches d’exécution, durée 8h
TP2: Extraction, Clustering et jointure sur fichiers de résultats, durée 8h
TP3: bases du langage AWK et extractions d’énergie les plus basses, durée 8h
Prix: 1 000 euros TTC l'unité
Langues : anglais ou français
TP Python3™
Python3™ bénéficie d'une communauté de développeurs active et diversifiée signifiant qu'il existe une pléthore de ressources, de bibliothèques et de modules disponibles aux grandes variétés de demandes. Étant largement utilisé dans l'industrie de manière générale, il garantie être un support intéressant du fait de sa constante évolution, c'est pourquoi nous l'intégrons à nos formations.
L'exploration analytique de la maladie d'Alzheimer sera le support de ce travaux pratique. Vous aurez l'opportunité d'acquérir des compétences spécialisées dans la manipulation avancée de tri, en mettant l'accent sur la clarté syntaxique et la polyvalence de ce langage. Grâce à cette formation, vous serez en mesure de maîtriser les techniques de gestion des fichiers contenant des données complexes, telles que les structures moléculaires des protéines impliquées dans la pathogenèse de la maladie d'Alzheimer. En manipulant ces données à l'aide de Python™, vous pourrez extraire des informations pertinentes, identifier des relations structure-fonction significatives et créer des représentations visuelles détaillées pour mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de la maladie. Cette approche scientifique vous permettra de manipuler des données intéressantes et de contribuer de manière significative à comprendre la recherche dans ce domaine.
Ces TPs peuvent être exécutés sur divers systèmes d'exploitation tels que Windows®, macOS® et Linux®, offrant ainsi une grande flexibilité pour les utilisateurs.
TP 1: Initiation durée 8h
TP2: Tri, durée 8h
TP3: Représentation, durée 8h
Prix TP: 1 000 euros TTC l'unité
Langues : anglais ou français
TPs AutoDock / Autodock Vina
Ce TP intensif, animé par des experts en bioinformatique, est conçu pour vous fournir une compréhension approfondie de la théorie et de la pratique derrière le docking moléculaire via Autodock. Vous apprendrez à l'utiliser ainsi que ses suites afin de prédire les interactions moléculaires entre des protéines cibles et leurs ligands, ainsi que pour interpréter et analyser les résultats de vos simulations.
Voici un aperçu de ce que vous allez apprendre :
Comprendre les principes fondamentaux du docking moléculaire.
Maîtriser les commandes d'Autodock et ses fonctionnalités avancées.
Préparer efficacement vos structures de protéines et de ligands pour la simulation.
Optimiser les paramètres de simulation pour des résultats précis.
Analyser et interpréter les résultats de docking pour guider la conception de médicaments.
Explorer des cas d'utilisation réels et des études de cas pour une application pratique
Que vous soyez chercheur en bioinformatique ou étudiant diplômé, cette formation vous fournira les compétences nécessaires pour exceller dans le docking moléculaire avec d'Autodock et vous démarquer dans votre domaine.
TP docking moléculaire, durée 16h
Prix TP: 2 000 euros TTC l'unité
Langues : anglais ou français
TP CHARMM™
Avancez dans la modélisation moléculaire avec notre formation spécialement conçue pour l'étude de l'ARN et de l'ADN impliqués dans la mucoviscidose sur CHARMM™. Au cours de cette formation intensive, vous maîtriserez les mots clés de ce langage, dont (les modules vous sont traduits en français, si francophone). Vous pourrez ainsi, en vous concentrer les manipulations et les équations de forces que vous appliquerez sur l'ARN et l'ADN.
Ce TP demande des connaissances en physique thermodynamique et chimie organique niveau Licence 3.
TP NAMD
NAMD est un logiciel de simulation moléculaire qui se concentre principalement sur la dynamique moléculaire des systèmes biologiques à grande échelle. Son nom signifie "NAnoscale Molecular Dynamics" (Dynamique Moléculaire à l'échelle Nanométrique). Conçu pour être rapide et évolutif, NAMD est souvent utilisé pour simuler des systèmes biomoléculaires complexes tels que les protéines, les acides nucléiques et les membranes cellulaires.
Développé par l'Université de l'Illinois à Urbana-Champaign, NAMD est largement utilisé dans la recherche en biophysique, en biochimie et en biologie computationnelle pour étudier divers processus moléculaires, tels que les changements de conformation des protéines, les interactions protéine-ligand, la dynamique des membranes et bien plus encore.
Ce TP demande des connaissances en physique thermodynamique et chimie organique niveau Licence 3.
NAMD utilise des techniques avancées d'approximation pour accélérer les simulations de dynamique moléculaire, telles que la méthode des réseaux d'interaction (interaction-mesh Ewald), permettant ainsi d'étudier des systèmes de grande taille sur des échelles de temps significatives.
Notre formation vous guidera à travers chaque étape du processus de simulation, de la préparation des systèmes à l'analyse des résultats connues de la maladie de Lyme, vous permettant ainsi comprendre les interactions biophysique interagissant sur des données déjà connues de cette maladie.
TP 1 Prise en main de l'ensemble des modules et de l'esprit du progiciel, durée 16h
TP2 Modélisation et calcul d'énergies libres, durée 8h
Prix TP: 2 000 euros TTC l'unité
Prix: 3 000 euros TTC les deux
Langues: anglais ou français
TP GROMACS
Cette formation vous fournira une compréhension approfondie de GROMACS, en couvrant les aspects suivants :
Introduction à GROMACS : Comprendre les principes de base, son histoire, ses applications et son importance dans la recherche biomoléculaire.
Installation et configuration : Apprendre à installer et configurer GROMACS sur différentes plateformes, y compris les ordinateurs personnels.
Principes de simulation moléculaire : Comprendre les bases théoriques de la dynamique moléculaire et des simulations de Monte Carlo, ainsi que les algorithmes utilisés dans GROMACS.
Préparation de systèmes de simulation : Apprendre à préparer des systèmes moléculaires pour la simulation, y compris la création de topologies de force et la préparation des fichiers d'entrée.
Exécution de simulations : Maîtriser les commandes et les options de ligne de commande pour exécuter des simulations moléculaires, en optimisant les performances et en interprétant les résultats.
Analyse des données de simulation : Apprendre à analyser les résultats de simulation à l'aide d'outils intégrés dans GROMACS ainsi que d'autres logiciels de traitement et de visualisation.
Applications avancées : Explorer des applications avancées de GROMACS telles que la simulation de systèmes membranaires, les calculs de liaisons médicamenteuses.
TP VMD
Que vous soyez chercheur en biophysique, en chimie computationnelle ou en biologie structurale, cette formation vous fournira les compétences essentielles pour maîtriser l'analyse et la visualisation de structures moléculaires complexes. Vous apprendrez à visualiser et à manipuler des protéines, des acides nucléiques, des lipides.
Avec VMD, vous pourrez représenter graphiquement la structure tridimensionnelle de vos molécules, calculer des propriétés moléculaires et créer des animations dynamiques pour représenter la dynamique moléculaire. Notre formation vous guidera à travers chaque fonctionnalité de VMD, de la manipulation des structures à l'analyse avancée des résultats de simulation.
Nos bio-informaticiens vous proposent une expérience immersive qui révolutionnera votre approche de la visualisation moléculaire et vous ouvrira de nouvelles perspectives de recherche dans le domaine passionnant de la biologie structurale !
TP VMD, durée 10h
Prix TP: 1 500 euros TTC l'unité
Langues: anglais ou français
TP PyMOL®
Développé par Schrödinger®, PyMOL® offre une large gamme de fonctionnalités pour la visualisation, y compris divers modes de représentation (fils de fer, surfaces, bâtonnets, etc.), des outils d'annotation, des outils de mesure et d'analyse, ainsi que des fonctionnalités avancées pour la création d'animations et la génération de captures d'écran haute résolution.
PyMOL® est surtout un logiciel de visualisation moléculaire utilisé pour la représentation graphique et l'analyse de structures moléculaires en biologie structurale, en biophysique et en chimie computationnelle. Il permet de visualiser des protéines, des acides nucléiques, des ligands, des complexes protéine-ligand, des membranes et d'autres types de structures moléculaires avec une grande précision et une grande flexibilité.
En résumé, PyMOL® est un outil puissant et polyvalent pour la visualisation moléculaire, offrant aux chercheurs une manière intuitive et efficace d'explorer et d'analyser les structures moléculaires à l'échelle atomique.
TP 1 Pymol®, durée 10h
TP 2 Pymol®, durée 10h
Prix TP: 1 500 euros TTC l'unité
Langues: anglais ou français
TP UCSF Chimera®
Chimera® est un logiciel de visualisation et de modélisation moléculaire largement utilisé dans le domaine de la biologie structurale, de la biophysique et de la chimie computationnelle. Développé par l'Université de Californie à San Francisco (UCSF), Chimera® offre une gamme étendue de fonctionnalités pour l'analyse et la manipulation des structures moléculaires.
Les caractéristiques principales de Chimera® comprennent la visualisation en 3D de structures biomoléculaires telles que les protéines, les acides nucléiques et les complexes protéine-ligand, ainsi que la représentation de surfaces moléculaires, de cartes de densité électronique, et d'autres types de données interéssantes.
Ces TP vous permettront d'effectuer des opérations de modélisation moléculaire telles que la modification de structures, la superposition de molécules, la construction de structures de complexes protéine-protéine ou protéine-ligand, et bien plus encore. Vous utiliserez des outils avancés pour l'analyse de structures, y compris la mesure de distances et d'angles, le calcul de surfaces accessibles, la recherche de motifs structuraux, et la création de représentations graphiques hautement personnalisables.
TP Cytoscape®
Cytoscape® est une plateforme logicielle open-source largement utilisée pour la visualisation, l'analyse et la manipulation de réseaux complexes, tels que les réseaux biologiques, les réseaux de protéines-interactions et bien d'autres.
Développé par l'Institute of Systems Biology à Seattle, Cytoscape® offre une interface conviviale et des fonctionnalités puissantes pour explorer la structure et la dynamique des réseaux biologiques. Les utilisateurs peuvent importer des données de réseaux à partir de diverses sources, telles que des bases de données publiques ou des fichiers locaux, et visualiser ces derniers sous forme de graphes interactifs.
TP Microsoft Word®
Le terme "Pack Office"® fait généralement référence à la suite bureautique Microsoft Office®, développée par Microsoft Corporation. Cette suite logicielle comprend plusieurs programmes populaires utilisés dans les environnements professionnels, éducatifs et personnels. Les principaux composants de Microsoft Word®, programme de traitement de texte largement utilisé pour la création et la mise en forme de documents, tels que des rapports, des lettres, etc.. que nous vous présenterons.
Découvrez notre formation sur Microsoft Word®, spécialement conçue pour ceux qui rencontrent des difficultés avec les nombreuses fonctions et raccourcis du logiciel ! Que vous soyez débutant ou que vous souhaitiez simplement approfondir vos connaissances, cette formation vous aidera à maîtriser Word® de manière simple et efficace. Nous vous guiderons à travers chaque fonctionnalité essentielle, depuis la création et la mise en forme de documents jusqu'à l'ajout d'images, de tableaux et de graphiques. Vous apprendrez à utiliser les outils de mise en page pour créer des documents professionnels et attrayants, ainsi que les fonctionnalités de révision pour collaborer avec d'autres utilisateurs sur des projets. Nous nous concentrerons également sur l'utilisation efficace des fonctionnalités de correction automatique, de numérotation, de listes à puces et de styles de texte pour gagner du temps et améliorer la cohérence de vos documents.
Prix TP1: 1 500 euros TTC l'unité
Langues: anglais ou français
TP ggplot2®
ggplot2® est une bibliothèque de création de graphiques en langage R, développée par Hadley Wickham. Cette bibliothèque est basée sur le principe de "Grammar of Graphics", qui propose une approche cohérente et systématique pour construire des graphiques en décomposant les éléments graphiques en différentes couches.
Nous nous présenterons ggplot2® comme utilitaire permettant aux utilisateurs de créer des graphiques complexes et esthétiquement plaisants en utilisant un ensemble de fonctions simples et intuitives. Il offre une grande flexibilité pour personnaliser chaque aspect du graphique, y compris les couleurs, les formes, les légendes, les échelles, etc.
ggplot2® est largement utilisé dans le domaine de l'analyse de données et de la visualisation, en particulier dans le contexte de la science des données, de la recherche académique et de la publication de résultats scientifiques.
