Habilidades computacionales

Manipulación de archivos para biología y análisis de datos

Lab Linux® Bash y comandos de shell

¡ Aprenda a maîtriser el poder de la línea de comando con nuestro TP Linux® Bash especialmente diseñado para la manipulación de columnas y palabras claves en los archivos PDB de biología !

En el dominio de la biología, donde los donados son masivos y complejos, la competencia en la manipulación de archivos y la búsqueda de palabras claves son esenciales para la eficacia del analizador y visualizador de estos donados.

Nos enseñamos las bases de Bash, una potente herramienta utilizada en entornos Unix y Linux, que permite automatizar tareas repetitivas de datos y ejecutar análisis en serie entre otros.

Si eres principiante en programación o buscas completar tus competencias, TP sobre medidas te guiará a través de ejemplos prácticos y ejercicios concretos en archivos y repertorios utilizados por Shell y AWK.

¡ Obtenga una ventaja competitiva en su carrera científica al adquirir estas bases de manipulación de données esenciales con nuestra formación Linux Bash !

Lab 1: Almacenamiento de archivos PDB y automatización de tareas de ejecución, duración 8h

Lab 2: Extracción, agrupación y unión de archivos de resultados, duración 8h

Lab 3: bases del idioma AWK y extracciones de energía de los más bajos, duración 8 h

Precio: 1 000 euros TTC, la unidad

Idiomas: inglés o francés

Lab RStudio®

Nuestros trabajos prácticos RStudio son oportunidades interesantes para los biólogos y los informáticos que desean perfeccionar sus competencias en el análisis de las donaciones y el maîtriser de los herramientas esenciales para su portador. Con bibliotecas especializadas, RStudio® ofrece una plataforma poderosa para realizar cálculos bioestadísticos y crear visualizaciones de datos informados e informativos.

Estas representaciones desempeñan un papel crucial en la comunicación de los resultados de la investigación en biología, permitiendo hacer que los complejos de información sean más accesibles y comprensibles para un gran público. Además, RStudio® propone una multitud de bibliotecas específicamente diseñadas para la biología, que ofrecen también a los estudiantes un acceso a las herramientas avanzadas para el análisis genético, la ecología, la bioestadística y mucho más.

Al participar en esta formación, los biólogos y bioinformáticos adquieren las competencias necesarias para explotar plenamente el potencial de RStudio® en su dominio de estudios, y los preparan además para reusar en sus proyectos de investigación.

Protéína: β-lactoglobulina bovina

Lab 1: Análisis supervisados, duración 16h

Lab 2: Análisis no supervisados, duración 16h

Precio lab RStudio®: 2 000 euros TTC la unidad

Precio labs RStudio®: 3 000 euros IVA incluido, para ambos

Idiomas: inglés o francés

Lab Python3

Python3™ beneficia a una comunidad de desarrolladores activos y diversificados de manera significativa porque existe una gran cantidad de recursos, bibliotecas y módulos disponibles con una gran variedad de demandas. Étantly utilisé dans l'industrie de manière générale, il garantie être un support intéressant du fait de sa constante évolution, c'est pourquoi nous l'intégrons à nos formaciones.

La exploración analítica de la enfermedad de Alzheimer será el apoyo de estos trabajos prácticos. Tienes la oportunidad de adquirir competencias especializadas en la manipulación avanzada de tres, incorporando el acento en la sintaxis clara y la polivalencia de este idioma. Gracias a esta formación, será necesario medir las técnicas de gestión de archivos que contienen complejos donados, indicando que las estructuras moleculares de las proteínas implicadas en la patogénesis de la enfermedad de Alzheimer. Al manipular estos datos con la ayuda de Python™, podrá extraer información relevante, identificar las relaciones estructura-función significativa y crear representaciones visuales detalladas para comprender mejor los mecanismos subyacentes de la enfermedad. Este enfoque científico le permitirá manipular datos interesantes y contribuir de manera significativa a comprender la investigación en este dominio.

Esta práctica puede ejecutarse en diversos sistemas de explotación, como Windows®, macOS® y Linux®, lo que ofrece una gran flexibilidad para los usuarios.

Lab 1: Introducción, duración 8h

Lab 2: Clasificación, duración 8h

Lab 3: Representación, duración 8h

Precio del lab: 1 000 euros IVA incluido, por unidad

Idiomas: inglés o francés

Simulaciones de dinámica molecular y cálculos de energía libre para predicciones mecanicistas

Labs AutoDock / Autodock Vina

Este laboratorio intensivo, dirigido por expertos en bioinformática, está diseñado para brindarle una comprensión profunda de la teoría y la práctica detrás del docking molecular mediante Autodock. Aprenderá a utilizarlo y sus suites para predecir las interacciones moleculares entre las proteínas objetivo y sus ligandos, así como a interpretar y analizar los resultados de sus simulaciones.

A continuación se ofrece una descripción general de lo que aprenderá :

  • Comprender los fundamentos del acoplamiento molecular

  • Domine los comandos de Autodock y sus funciones avanzadas

  • Prepare eficientemente sus estructuras de proteínas y ligandos para la simulación

  • Optimice los parámetros de simulación para obtener resultados precisos

  • Analice e interprete los resultados del docking para guiar el diseño de fármacos

  • Explore casos de uso y estudios de casos del mundo real para aplicaciones prácticas

Si usted es un investigador de bioinformática o un estudiante de posgrado, esta capacitación le brindará las habilidades necesarias para sobresalir en el docking molecular con Autodock y destacarse en su campo.

Lab docking molecular, duración 16h

Precio del lab: 2 000 euros IVA incluido, por unidad

Idiomas: inglés o francés

Lab CHARMM

Avanza en el modelado molecular con nuestra formación especialmente diseñada para el estudio del ARN y ADN implicados en la fibrosis quística en CHARMM™. Durante esta formación intensiva, dominará las palabras clave de este idioma. De este modo podrás concentrarte en las manipulaciones y ecuaciones de fuerzas que aplicarás al ARN y al ADN.

Este trabajo práctico requiere conocimientos de física termodinámica y química orgánica a nivel de tres años universitarios.

Gracias a CHARMM™ podrás modelar con precisión las estructuras tridimensionales del ARN, el ADN y las interacciones que los estabilizan. Nuestro equipo de expertos ha diseñado ejercicios para usted que lo guiarán a través de explicaciones educativas, ejercicios prácticos y estudios de casos relevantes, lo que le permitirá adquirir una experiencia profunda en el uso de CHARMM™ para la investigación con un componente in silico sobre la fibrosis quística. Además, esta formación incluirá cálculos de energía libre mediante dos métodos avanzados cuyos resultados se compararán.

Lab 1: Introducción a todos los módulos y el espíritu del paquete de software, duración 24h

Lab 2: Modelado y cálculo de energías libres, duración 8h

Precio del Lab 1: 3 000 euros IVA incluido, por unidad

Precio del Lab 2: 2 000 euros IVA incluido, por unidad

Idiomas: inglés o francés

Lab NAMD

NAMD es un software de simulación molecular que se centra principalmente en la dinámica molecular de sistemas biológicos a gran escala. Su nombre significa “Dinámica Molecular a NAnoescala”. Diseñado para ser rápido y escalable, NAMD es un programa muy interesante y se utiliza a menudo para simular sistemas biomoleculares complejos como proteínas, ácidos nucleicos y membranas celulares.

Desarrollado por la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign, NAMD se usa ampliamente en investigaciones de biofísica, bioquímica y biología computacional para estudiar diversos procesos moleculares, como cambios de conformación de proteínas, interacciones proteína-ligando, dinámica de membrana y mucho más.

Este trabajo práctico requiere conocimientos de física termodinámica y química orgánica a nivel universitario de tres años.

NAMD utiliza técnicas de aproximación avanzadas para acelerar las simulaciones de dinámica molecular, como el método de red de interacción (interaction-mesh Ewald), lo que permite estudiar grandes sistemas en escalas de tiempo significativas.

Nuestra capacitación lo guiará a través de cada paso del proceso de simulación, desde la preparación de sistemas hasta el análisis de resultados conocidos de la enfermedad de Lyme, lo que le permitirá comprender las interacciones biofísicas que interactúan con los datos ya conocidos sobre esta enfermedad.

Lab 1: Introducción a todos los módulos y el espíritu del paquete de software, duración 16h

Lab 2: Modelado y cálculo de energías libres, duración 8h

Precio del lab: 2 000 euros IVA incluido, por unidad

Precio: 3 000 euros IVA incluido, ambos

Idiomas: inglés o francés

Lab GROMACS

Esta capacitación le proporcionará una comprensión profunda de GROMACS, cubriendo los siguientes aspectos :

  1. Introducción a GROMACS : Comprender los principios básicos, su historia, sus aplicaciones y su importancia en la investigación biomolecular.

  2. Instalación y configuración : aprenda a instalar y configurar GROMACS en diferentes plataformas, incluidas computadoras personales.

  3. Principios de Simulación Molecular : Comprender los fundamentos teóricos de la dinámica molecular y las simulaciones de Monte Carlo, así como los algoritmos utilizados en GROMACS.

  4. Preparación de sistemas de simulación : aprenda a preparar sistemas moleculares para la simulación, incluida la creación de topologías de fuerza y ​​la preparación de archivos de entrada.

  5. Ejecución de simulaciones : domine los comandos y las opciones de la línea de comandos para ejecutar simulaciones moleculares, optimizando el rendimiento e interpretando los resultados.

  6. Análisis de datos de simulación : aprenda a analizar los resultados de la simulación utilizando herramientas integradas en GROMACS, así como otro software de procesamiento y visualización.

  7. Aplicaciones avanzadas : explore aplicaciones avanzadas de GROMACS, como la simulación de sistemas de membranas y cálculos de unión de fármacos.

Lab 1: Introducción a todos los módulos y el espíritu del paquete de software, duración 24h

Lab2: Simulación de sistemas de membranas, duración 8h

Precio del lab: 2 000 euros IVA incluido, por unidad

Precio labs: 3 000 euros IVA incluido, para ambos

Idiomas: inglés o francé

Visualizaciones de datos biológicos conocidos

Lab VMD

Ya sea investigador en biofísica, química computacional o biología estructural, esta formación le proporcionará las habilidades esenciales para dominar el análisis y la visualización de estructuras moleculares complejas. Aprenderás a visualizar y manipular proteínas, ácidos nucleicos, lípidos.

Con esta tarea práctica de VMD, podrá representar gráficamente la estructura tridimensional de sus moléculas, calcular propiedades moleculares y crear animaciones dinámicas para representar la dinámica molecular. Nuestra capacitación lo guiará a través de cada característica de VMD, desde la manipulación de estructuras hasta el análisis avanzado de los resultados de la simulación.

¡ Nuestros bioinformáticos le ofrecen una experiencia inmersiva que revolucionará su enfoque de la visualización molecular y abrirá nuevas perspectivas de investigación en el apasionante campo de la biología estructural !

Lab VMD, duración 10h

Precio del lab: 1 500 euros IVA incluido, por unidad

Idiomas: inglés o francés

Lab PyMOL®

Desarrollado por Schrödinger®, PyMOL® ofrece una amplia gama de funciones de visualización, incluidos varios modos de representación (estructuras alámbricas, superficies, varillas, etc.), herramientas de anotación, herramientas de medición y análisis, así como funciones avanzadas para crear animaciones y generar alta -Capturas de pantalla de resolución.

PyMOL® es antes toto un software de visualización molecular utilizado para la representación gráfica y el análisis de estructuras moleculares en biología estructural, biofísica y química computacional. Permite la visualización de proteínas, ácidos nucleicos, ligandos, complejos proteína-ligando, membranas y otro tipo de estructuras moleculares con alta precisión y flexibilidad.

PyMOL® se utiliza ampliamente en la investigación académica e industrial para estudiar la estructura y función de biomoléculas, diseñar nuevos fármacos y visualizar los resultados de simulaciones moleculares. También se utiliza en educación para enseñar biología molecular y química estructural al proporcionar representaciones visuales interactivas de moléculas.

En resumen, PyMOL® es una herramienta potente y versátil para la visualización molecular, que proporciona a los investigadores una forma intuitiva y eficiente de explorar y analizar estructuras moleculares a escala atómica.

Lab 1: Pymol®, duración 10h

Lab 2: Pymol®, duración 10h

Precio del lab:  1 500 euros IVA incluido por unidad

Idiomas: inglés o francés

Lab UCSF Chimera®

Chimera® es un software de modelado y visualización molecular ampliamente utilizado en el campo de la biología estructural, la biofísica y la química computacional. Desarrollado por la Universidad de California, San Francisco (UCSF), Chimera® ofrece una amplia gama de capacidades para el análisis y manipulación de estructuras moleculares.

Las características clave de Chimera® incluyen visualización 3D de estructuras biomoleculares como proteínas, ácidos nucleicos y complejos proteína-ligando, así como representación de superficies moleculares, mapas de densidad electrónica y otros tipos de datos interesantes.

Estas prácticas te permitirán realizar operaciones de modelado molecular como modificar estructuras, superponer moléculas, construir estructuras de complejos proteína-proteína o proteína-ligando, entre otras. Utilizará herramientas avanzadas para analizar estructuras, incluida la medición de distancias y ángulos, el cálculo de áreas accesibles, la búsqueda de patrones estructurales y la creación de representaciones gráficas altamente personalizables.

Lab 1: Chimera®, duración 10h

Lab 2: Chimera®, duración 10h

Precio del lab: 1 500 euros IVA incluido, por unidad

Idiomas: inglés o francés

Cuaderno y descripción general (expertos)

Lab Projet Jupyter®

Jupyter Notebook es una aplicación web de código abierto para crear y compartir documentos interactivos que contienen código en vivo, visualizaciones y texto explicativo. Se utiliza ampliamente en los campos de la ciencia de datos, la investigación académica, la educación y el desarrollo de software.

La principal ventaja de Jupyter Notebook® y por qué lo agregamos es su capacidad para integrar código ejecutable (generalmente Python™, pero también otros lenguajes como R®, Julia® o Scala®) con elementos descriptivos como texto, ecuaciones y gráficos. e imágenes. Esto permite a los usuarios crear documentos interactivos y reproducibles, lo cual es extremadamente valioso para el análisis, modelado, simulación, generación de informes y enseñanza de datos.

Entrará en un entorno interactivo donde escribirá, ejecutará y experimentará con código Python3® y R® en tiempo real, mientras crea documentos ricos en contenido, análisis de datos dinámicos e informes interactivos. Con nuestra capacitación, aprenderá a manipular datos, crear visualizaciones impactantes y realizar análisis estadísticos avanzados, todo en un entorno colaborativo y reproducible.

Lab 1: Jupyter Notebook®, duración 16h

Lab 2: Jupyter Notebook®, duración 16h

Precio del lab: 2 500 euros IVA incluido, por unidad

Idiomas: inglés o francés

Lab Cytoscape®

Desarrollado por el Instituto de Biología de Sistemas de Seattle, Cytoscape® ofrece una interfaz convivial y funciones poderosas para explorar la estructura y la dinámica de las investigaciones biológicas. Los usuarios pueden importar archivos de datos de diversas fuentes, informarles que las bases de datos públicos o archivos locales, y visualizar estos últimos en forma de gráficos interactivos.

Cytoscape® es una plataforma lógica de código abierto ampliamente utilizada para la visualización, el análisis y la manipulación de complejos de investigación, como las investigaciones biológicas y las interacciones de proteínas.

Esta capacitación lo guiará paso a paso a través de los pasos esenciales para explorar y comprender la complejidad de la tiña como patología. Primero, aprenderá cómo importar datos de red sobre interacciones entre patógenos, factores ambientales y respuestas inmunes del huésped. A continuación, utilizará Cytoscape® para crear visualizaciones interactivas de las redes moleculares involucradas en el ciclo de vida de la tiña y su progresión a través del huésped. Aprenderá cómo anotar estas redes con información sobre genes, proteínas y vías biológicas involucradas en la patogénesis de la tiña.

Al analizar la topología de la red, identificará genes y proteínas centrales que podrían desempeñar un papel clave en la virulencia de la tiña o la resistencia a los tratamientos antimicóticos. A través de ejercicios prácticos y estudios de casos basados ​​en datos del mundo real, desarrollará una valiosa experiencia en el uso de Cytoscape® para la investigación de la tiña, abriendo nuevas perspectivas para el diagnóstico, el tratamiento y la prevención de esta enfermedad fúngica debilitante.

Esta capacitación será impartida por un instructor experimentado e incluirá sesiones interactivas y demostraciones para garantizar que domine cada paso del proceso.

Lab 1: Visualización, anotaciones y espíritu del paquete de software, duración 24h

Lab 2: Simulación y dinámica de redes, duración 8h

Precio del Lab 1: 3 000 euros IVA incluido

Precio del Lab 2: 1 500 euros IVA incluido

Idiomas: inglés o francés

Redacción y visualización, para la fluidez de tus informes

Lab Microsoft Word®

El término "Office Pack"® generalmente se refiere a la suite ofimática Microsoft Office®, desarrollada por Microsoft Corporation. Este paquete de software incluye varios programas populares utilizados en entornos empresariales, educativos y personales. Le presentaremos los componentes principales de Microsoft Word®, un programa de procesamiento de textos ampliamente utilizado para crear y formatear documentos, como informes, cartas, etc.

¡ Esta capacitación en Microsoft Word® está especialmente diseñada para aquellos que encuentran dificultades con las numerosas funciones y atajos del software ! Si eres principiante o simplemente quieres profundizar tus conocimientos, esta formación te ayudará a dominar Word® de forma sencilla y eficaz. Lo guiaremos a través de cada característica esencial, desde crear y formatear documentos hasta agregar imágenes, tablas y gráficos. Aprenderá a utilizar las herramientas de diseño para crear documentos atractivos y profesionales, así como las funciones de revisión para colaborar con otros usuarios en proyectos. También nos centraremos en el uso eficaz de la autocorrección, la numeración, las listas con viñetas y los estilos de texto para ahorrar tiempo y mejorar la coherencia de sus documentos.

Precio del lab: 1 500 euros IVA incluido

Idiomas: inglés o francés

Lab ggplot2®

ggplot2® es una biblioteca de gráficos en R, desarrollada por Hadley Wickham. Esta biblioteca se basa en el principio de "Gramática de gráficos", que proporciona un enfoque coherente y sistemático para construir gráficos descomponiendo elementos gráficos en diferentes capas.

Presentaremos ggplot2® como una utilidad que permite a los usuarios crear gráficos complejos y estéticamente agradables utilizando un conjunto de funciones simples e intuitivas. Proporciona una gran flexibilidad para personalizar cada aspecto del gráfico, incluidos colores, formas, leyendas, escalas, etc.

ggplot2® se utiliza ampliamente en el campo del análisis y visualización de datos, especialmente en el contexto de la ciencia de datos, la investigación académica y la publicación de resultados científicos.

Esta capacitación le permitirá crear una variedad de gráficos, como gráficos de barras, diagramas de caja, diagramas de dispersión, gráficos lineales y no lineales, gráficos de áreas, diagramas de violín y más.

En resumen, aprenderá a dominar ggplot2® es una biblioteca poderosa y flexible para crear gráficos en el lenguaje R®, brindando a los usuarios la capacidad de producir visualizaciones de datos altamente personalizadas y profesionales que le permitirán explorar y comunicar sus resultados de una manera manera efectiva ! 📝 💼 🚀

Lab ggplot2®: duración 10h

Precio del lab: 1 500 euros IVA incluido

Idiomas: inglés o francés

Colaboraciones

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